Pada tahun 2311 M, dunia yang dulu dipenuhi konflik antarkontinen kini bersatu di bawah kepemimpinan Federasi Sfera Bumi (ESF). ESF mendirikan pasukan militer preventif yang dikenal sebagai A-Laws, dengan tugas menghentikan organisasi teroris yang menggunakan kekerasan. Seiring dengan bertambahnya wewenang hukum yang mereka miliki, A-Laws mulai memanipulasi hukum untuk kepentingan mereka sendiri, memerintah warga Bumi dengan tangan besi.

Menanggapi perilaku fasis A-Laws, kelompok anti-teror Celestial Being muncul kembali. Dipimpin oleh mobile suit canggih bernama Gundam, para pilot Celestial Being melancarkan perang baru melawan A-Laws, bertujuan menghentikan penyalahgunaan kekuasaan mereka yang tirani.

Setsuna F. Seiei, pilot Gundam Exia, memimpin serangan bersama rekan-rekannya, Gundam Meisters Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Namun, dalam prosesnya, Setsuna menemukan konspirasi yang dipimpin oleh faksi baru, Innovators, dan harus menghadapi luka lama dan hantu masa lalunya untuk menyelamatkan dunia yang membencinya.