Di masa depan yang jauh, ketergantungan umat manusia pada bahan bakar fosil akan menyebabkan habisnya cadangan bahan bakar tersebut, memicu krisis energi yang belum pernah terjadi sebelumnya di dunia. Sebagai respons dan karena rasa takut, umat manusia mulai beralih ke sumber energi alternatif: tenaga surya. Berbagai negara bersatu membentuk tiga faksi utama—Uni Energi Surya dan Negara-Negara Merdeka, Uni Eropa Maju, dan Liga Reformasi Manusia. Setiap faksi ini memiliki akses ke pembangkit tenaga surya, yang memberikan mereka energi tak terbatas.

Akibatnya, negara-negara yang dulu bergantung pada penjualan bahan bakar fosil kini terjerumus ke dalam kemiskinan, memicu perang dan konflik internal selama bertahun-tahun demi menguasai energi surya. Di tengah kekacauan ini, sebuah organisasi paramiliter tak dikenal muncul dengan nama “Celestial Being,” yang bercita-cita mengakhiri semua perang melalui intervensi bersenjata dengan menggunakan Mobile Suits misterius dan canggih secara teknologi yang dikenal sebagai Gundams.

Mobile Suit Gundam 00 mengikuti kisah Gundam Meisters Celestial Being: Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Keempatnya terjun ke dalam pertempuran dahsyat antara tiga kekuatan super untuk mewujudkan tujuan mereka mengubah dunia.