Pada tahun After Colony 196, satu tahun setelah berakhirnya perang sipil antargalaksi, keadaan stagnasi melanda Bumi dan koloni-koloninya. Melihat tidak ada lagi gunanya bagi mereka, para pahlawan perang Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton, dan Quatre Raberba Winner memutuskan untuk menghancurkan senjata-senjata Gundam mereka dengan meluncurkannya ke permukaan Matahari.

Sebelum Gundam mencapai tujuannya, perdamaian universal hancur oleh kemunculan Mariemaia Khushrenada—anak tunggal dari aristokrat tirani mantan Treize. Mariemaia menculik diplomat Relena Peacecraft dan mengumumkan rencana untuk meluncurkan “Operasi Meteor,” dengan niat untuk mewujudkan rencana penaklukan dunia Treize secara posthumous.

Dengan bantuan mantan musuh Zechs Marquise dan mobile suit-nya Tallgeese, para pilot heroik harus kembali memperoleh mobile suit mereka untuk melancarkan pertempuran terakhir melawan dinasti Khushrenada, termasuk bertarung melawan mantan sekutu mereka Wufei Chang, yang kini bergabung dengan ambisi Mariemaia.