Setelah kematian ayahnya yang tak terduga, Momo Miyaura yang berusia 11 tahun meninggalkan Tokyo bersama ibunya dan pindah ke sebuah pulau terpencil di Laut Pedalaman Seto. Satu-satunya kenang-kenangan yang ia miliki dari ayahnya adalah sepucuk surat yang belum selesai ditulis dengan hanya dua kata di dalamnya: “Dear Momo”-bersama dengan kegelisahan hatinya.

Di kota kecil yang baru dan asing ini, Momo dengan enggan mencoba menyesuaikan diri dengan bangunan kayu yang sudah ketinggalan zaman, ladang pertanian yang sepi, dan kuil-kuil terpencil yang misterius. Suatu hari, saat menjelajahi loteng rumah barunya, dia menemukan sebuah buku bergambar usang tentang youkai. Setelah penemuan ini, hal-hal aneh mulai terjadi di sekitar kota, dan Momo disambut oleh kedatangan tiga youkai yang merepotkan.

Momo e no Tegami bercerita tentang seorang gadis muda yang berjuang untuk beradaptasi dengan kehidupan barunya yang aneh dan pada akhirnya menerima surat misterius dari ayahnya.