Ini adalah dunia di mana manusia dan monster ada. Mereka yang memburu monster disebut Pemburu. Namun di sudut kecil dunia Hunter, ada yang disebut Penunggang yang terikat dan hidup berdampingan dengan monster. Dengan Kizuna Ishi (Batu Pengikat) yang memungkinkan mereka untuk membangkitkan kekuatan tersembunyi di dalam diri para monster, para Penunggang hidup dalam kerahasiaan bersama dengan Otomon, monster yang menjalin hubungan dengan mereka.
Ryuto, seorang anak laki-laki yang tinggal di desa Rider di Hakum, bermimpi untuk menjadi Rider terbaik di dunia. Setelah berusia 12 tahun, dia mulai mencari Otomon untuk dirinya sendiri sebelum upacara di mana dia diberikan Kizuna Ishi miliknya. Bersama dengan teman masa kecilnya yang baik hati, Cheval, teman masa kecilnya yang penuh rasa ingin tahu, Lilia, dan rekannya Naville, dia pergi jauh ke dalam hutan, dan mengalami pertemuan ajaib dengan seekor Rathalos.