Diam, acuh tak acuh, namun nakal, Rokujou Miharu yang berusia 14 tahun adalah pemegang hijutsu “Shinrabanshou,” teknik kuat yang diinginkan oleh banyak klan ninja agar dapat menjadi penguasa Nabari. Teman sekelasnya, Kouichi Aizawa, dan guru bahasa Inggrisnya, Thobari Durandal Kumohira, keduanya adalah ninja klan Banten yang secara rahasia telah bersumpah untuk melindungi Miharu dari para penyerangnya. Tetap acuh tak acuh, Miharu berusaha menolak undangan mereka untuk bergabung dengan klub ninja mereka. Namun, setelah serangkaian serangan, ia tidak punya pilihan selain bergabung dengan kelompok mereka sebagai cara untuk bertahan hidup. Pelan-pelan, Miharu semakin dekat untuk menjadi penguasa Nabari.