Melancarkan serangan kejutan yang menghancurkan, ninja terbang dari Negeri Langit mencari balas dendam terhadap musuh lamanya, Konohagakure. Meskipun Naruto Uzumaki ingin ikut bertempur, ia ditahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan seorang yang terluka. Saat membawa pria terluka itu ke rumah sakit, Naruto bertemu secara tak terduga dengan Amaru—seorang pemuda berapi-api dari desa tetangga yang putus asa mencari bantuan Shinnou.

Sementara itu, saat penyerang mundur untuk memulihkan kekuatan mereka, Tsunade memanfaatkan kesempatan untuk mengirim tim kecil yang terdiri dari Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menghancurkan basis mereka. Secara bersamaan, ia memerintahkan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Namun, pada saat yang sama, Orochimaru memiliki rencana sendiri: ia memerintahkan Sasuke Uchiha untuk membawa dokter yang ahli dalam teknik reinkarnasi.

Saat kelompok pengawal secara tidak sengaja menemukan kebenaran gelap di balik serangan-serangan tersebut, rencana-rencana yang menggemparkan mulai bergerak. Namun, meskipun dihadapkan pada reuni yang tak terduga, Naruto tidak goyah dalam upayanya untuk mengakhiri perang dan dampaknya yang menghancurkan.