Takashi Natsume dan teman rohnya, Madara, yang dijuluki “Nyanko”, terus mengembalikan nama-nama roh dari Buku Teman yang diberikan oleh almarhumah neneknya, Reiko Natsume.

Dalam perjalanan pulang dari sekolah suatu hari, Takashi bertemu dengan roh yang mengintai bernama Monmonbou, yang mengingat kenangan nenek Takashi setelah mendengar namanya. Keingintahuan alami Takashi menuntunnya untuk menjelajahi kota misterius tempat neneknya dulu tinggal. Berteman dengan kenalan lamanya, Yorie Tsumura dan putra Yorie, Mukuo, Takashi menyingkap lebih banyak tentang masa lalu neneknya.

Sementara itu, Nyanko mencari makanan dan menemukan “Benih Roh” yang mencurigakan, yang secara ajaib bertunas menjadi pohon buah dalam semalam. Menyerah pada godaan, Nyanko memakan buah tersebut, membelah dirinya menjadi tiga. Mencari solusi untuk kesulitan Nyanko, Takashi dan teman-temannya mengulurkan tangan, dan tak disangka-sangka mengungkap lebih banyak rahasia yang dimiliki kota ini dalam prosesnya.