Pada suatu sore yang cerah di apartemennya di Paris, pembunuh bayaran Mireille Bouquet menerima email aneh dari Kirika Yuumura, seorang pelajar muda dari Jepang, yang mengundangnya untuk “berziarah ke masa lalu” bersama. Awalnya menganggap email itu omong kosong, dia berubah pikiran ketika email itu mulai memutar lagu yang dia kenali dari masa mudanya.

Saat pertama kali bertemu secara langsung, keduanya tiba-tiba diserang oleh pria-pria bersenjata. Meskipun Mireille mampu menangkis serangan tersebut, ia menyadari bahwa Kirika sangat mahir dalam situasi pertempuran setelah ia sendiri berhasil menyingkirkan beberapa penembak. Meskipun mahir dalam membunuh, Kirika menyesali ketidakmampuannya untuk merasa menyesal terhadap korbannya. Selain itu, Kirika tampaknya tidak ingat bagaimana ia memperoleh keterampilan yang dimilikinya atau bahkan identitas aslinya.

Merasa ada sejarah bersama di antara mereka, Mireille setuju untuk bekerja sama dengan Kirika, dan bersama-sama, mereka memulai perjalanan untuk mengungkap misteri masa lalu mereka. Beroperasi dengan sandi “Noir,” aliansi rapuh duo ini diuji saat mereka mulai menerima pekerjaan, masing-masing membawa mereka lebih dekat pada kebenaran tentang siapa mereka sebenarnya.