Siswa SMA biasa, Yuuko Konagai, cenderung pemalu dan canggung. Karena itu, selain mendapatkan nilai yang biasa-biasa saja, ia hampir tidak memiliki teman di kelasnya. Namun, setelah hari yang monoton di sekolah, ia kembali ke tempat persembunyian yang telah lama dinantikannya—rumah bersama kucing-kucingnya, Maa, Shi, dan Ro! Dengan kepribadian mereka yang unik, ketiganya memiliki tubuh yang mirip dengan manusia, mempertahankan kemampuan untuk berbicara dan berkomunikasi. Setiap hari, kawanan kucing yang menggemaskan ini menunggu kepulangan pemiliknya untuk memberinya kehangatan yang sangat dibutuhkan.

Nyanko Days menyoroti kehidupan Yuuko dan kucing-kucingnya saat mereka mencerahkan setiap momen dan mendapatkan teman baru di hari-hari yang berlalu.