Setelah menderita kerugian besar dalam Pertempuran Marineford, Monkey D. Luffy terdampar di Rusukaina, sebuah pulau berbahaya yang dihuni makhluk-makhluk besar dan berbahaya. Di sana, ia berkomitmen untuk menjalani pelatihan selama dua tahun untuk mempelajari “Haki,” energi yang dapat digunakan para petarung untuk memberikan berbagai kemampuan dalam pertempuran.

Luffy tersadar dari pelatihannya yang damai akibat penculikan Sandersonia dan Marigold, saudara perempuan dari teman sekaligus sekutunya, Boa Hancock. Dengan bantuan Boa, Luffy berusaha melacak bajak laut terkenal yang bertanggung jawab atas penculikan tersebut, seorang pria yang pelariannya dari penjara baru-baru ini merupakan akibat dari tindakan sembrono Luffy sendiri. Luffy harus menggunakan Haki yang terus berkembang untuk mengalahkan musuh baru ini sambil berdamai dengan kesedihannya yang mendalam.