Hana, seorang mahasiswi yang bekerja keras, jatuh cinta pada seorang pria misterius yang menghadiri salah satu kelasnya, meskipun dia bukan mahasiswa yang sebenarnya. Ternyata, dia juga bukan manusia yang sesungguhnya. Pada malam bulan purnama, dia berubah, mengungkapkan bahwa dia adalah manusia serigala terakhir yang masih hidup. Meskipun demikian, cinta Hana tetap kuat, dan keduanya akhirnya memutuskan untuk memulai sebuah keluarga.

Hana melahirkan dua anak yang sehat-Ame, lahir saat hujan, dan Yuki, lahir saat salju turun-keduanya memiliki kemampuan untuk berubah menjadi serigala, sifat yang diwarisi dari ayah mereka. Namun, kematian kekasihnya yang tiba-tiba menghancurkan kehidupan Hana, membuatnya harus membesarkan sebuah keluarga yang aneh seorang diri. Stres membesarkan anak-anaknya yang memiliki sifat liar di kota yang padat penduduk, sambil merahasiakan identitas mereka, berujung pada keputusan untuk pindah ke pedesaan, di mana ia berharap Ame dan Yuki dapat menjalani kehidupan yang bebas dari penilaian masyarakat. Wolf Children adalah kisah yang mengharukan tentang tantangan menjadi ibu tunggal di dunia modern yang tak kenal ampun.