Pada saat tengah malam, Jam Kegelapan muncul-jam rahasia yang tidak disadari oleh sebagian besar orang. Mereka yang tidak terperangkap dalam peti mati selama waktu tersebut, yang tidak beruntung menemukan diri mereka dalam keadaan sadar, akan bertemu dengan makhluk berbahaya yang dikenal sebagai Bayangan. Namun, beberapa orang terpilih memiliki potensi untuk menggunakan Persona: kekuatan khusus yang digunakan untuk mengalahkan makhluk-makhluk ini. Kelompok rahasia ini disebut SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), dan misi mereka adalah mengungkap alasan di balik kemunculan Dark Hour.

Hanya beberapa saat setelah siswa pindahan Makoto Yuuki memulai masa tinggalnya di Asrama Iwatodai, Persona-nya terbangun setelah diserang oleh Shadow yang kuat. Sekarang direkrut ke dalam barisan SEES, dia mulai bertarung bersama rekan-rekannya, karena hanya mereka yang dapat melindungi umat manusia dari Bayangan dan mencegah anomali yaitu Dark Hour.