Di hari yang baru di wilayah Kanto, Satoshi diundang oleh Profesor Yukinari Ookido untuk menghadiri upacara pembukaan laboratorium Profesor Sakuragi di Kota Vermillion. Selama pidato upacara, Profesor Sakuragi menerima peringatan bahwa ada Pokemon langka yang mungkin muncul di pelabuhan Kota Vermillion, yang membuat Satoshi dan para pelatih lainnya bergegas ke daerah tersebut dengan harapan dapat menemukan Pokemon misterius tersebut. Di pelabuhan, mereka menemukan Lugia-Seekor Pokémon Legendaris-terlibat dalam pertempuran dengan para pelatih lainnya.

Melihat taktik para pelatih lain, Satoshi menyuruh rekannya, Pikachu, menyerang Lugia dengan serangan Thunderbolt. Tak gentar, Lugia melarikan diri, tapi tidak sebelum Satoshi dengan mantap melompat ke punggungnya. Yang mengejutkan Satoshi, dia bertemu dengan anak laki-laki lain, Gou, yang juga melompat ke punggung Lugia. Keduanya menumpang di punggung Lugia yang membawa mereka dalam petualangan aneh melintasi lautan. Saat Lugia kembali ke daratan, Satoshi dan Gou mengucapkan selamat tinggal pada Lugia dan kembali ke Institut Sakuragi.

Terkesan dengan temuan Gou dan wawasan Satoshi yang diambil selama pertemuan mereka, Sakuragi meminta keduanya untuk menjadi mitra penelitian barunya. Dan perjalanan keduanya pun dimulai, menjelajahi berbagai wilayah untuk bertemu dengan banyak Pokémon baru-termasuk yang memiliki kemampuan Gigantamax!