Serebii, Pokémon Legendaris yang terkenal karena kemampuannya untuk melintasi waktu, diburu oleh seorang pemburu Pokémon tak dikenal yang berusaha menangkapnya. Yukinari, seorang pelatih Pokémon muda yang suka menggambar potret Pokémon, berusaha melindungi Serebii setelah Pokémon itu secara tak sengaja menemuinya; namun, di tengah pelariannya, keduanya menghilang tanpa jejak.

Empat puluh tahun kemudian, Satoshi, seorang pelatih Pokémon ambisius, berharap dapat melihat Pokémon langka di sekitar daerahnya. White, seorang pengemudi perahu, membawa Satoshi ke desanya. Satoshi ditemani oleh tiga sahabat terdekatnya: Takeshi, mantan pemimpin gym yang sedang berlatih menjadi pembiak Pokémon hebat; Kasumi, seorang gadis muda yang ingin menjadi pelatih tipe Air yang terampil; dan Pikachu, mitra Pokémon Satoshi dan teman pertamanya.

Sementara itu, Yukinari dan Serebii muncul kembali di masa kini Satoshi dan bertemu dengan kelompoknya. Lord Vicious yang bermasker, anggota staf eksekutif terkuat Tim Rocket, ingin menangkap Serebii. Dengan menggunakan Dark Ball, varian Monster Ball yang merusak Pokémon yang ditangkap di dalamnya dan mengeluarkan kekuatan maksimal mereka, Vicious dapat mengubah Pokémon yang tak bersalah menjadi rintangan yang kuat dan menakutkan—termasuk Serebii sendiri! Terjebak dalam situasi sulit, Satoshi, Yukinari, dan teman-temannya harus bekerja sama untuk mengalahkan Vicious dan menyelamatkan Serebii serta diri mereka sendiri.