Ditinggalkan oleh orang tua mereka yang kejam dan hanya mengandalkan satu sama lain, kakak beradik Utsutsu dan Yume Hasegawa mendapati diri mereka disesatkan oleh kupu-kupu merah indah yang muncul di dunia mereka. Tanpa sepengetahuan mereka, kupu-kupu bersayap merah ini menandakan awal dari mimpi buruk kanibalisme-virus misterius yang dikenal sebagai Pupa akan segera menetas.

Setelah menyerah pada efek penuh Pupa, Yume mengalami metamorfosis aneh menjadi makhluk mengerikan dengan hasrat yang tak terpuaskan untuk memakan daging; Utsutsu, di sisi lain, hanya terpengaruh sebagian, dan mendapatkan kekuatan regeneratif yang luar biasa. Menegaskan kembali tekadnya untuk menepati janji yang ia buat pada dirinya sendiri bertahun-tahun yang lalu, Utsutsu bersedia mengorbankan segalanya untuk selalu ada untuk adik perempuannya yang berharga.

Pupa bercerita tentang perjuangan mati-matian seorang kakak yang penuh kasih untuk menyelamatkan adiknya sekaligus melindungi dunia dari rasa lapar yang tak terkendali.