Enam bulan yang lalu, Sakuta Azusagawa secara kebetulan bertemu dengan seorang gadis kelinci di perpustakaan. Sejak saat itu, dia sangat bahagia dengan pacarnya: Mai Sakurajima, gadis kelinci yang sama. Namun, kemunculan kembali cinta pertamanya yang misterius, Shouko Makinohara yang kini telah dewasa, menambah kerumitan baru dalam hubungannya dengan Mai. Lebih buruk lagi, ia kemudian bertemu dengan Shouko yang masih duduk di bangku SMP di rumah sakit, yang menderita penyakit parah. Secara misterius, bekas luka lamanya mulai berdenyut setiap kali dia berada di dekatnya.

Dengan situasi aneh Shouko yang terus berputar di sekelilingnya, Sakuta harus berdamai dengan perasaannya sendiri yang saling bertentangan, baik atau buruk. Dengan nyawa seorang gadis di tangannya, apa yang bisa dia lakukan?