Tiga bulan setelah Serangan Bulan yang hampir menyebabkan kehancuran Bumi, Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari, dan Chris Yukine terus melawan Noise-ancaman alien misterius-menggunakan baju zirah yang kuat yang dikenal dengan nama Symphogear. Setelah mempertahankan konvoi Amerika dari serangan Noise, Hibiki dan Chris berlomba menuju gedung konser Queens of Music untuk menghadiri salah satu konser Tsubasa.

Sementara itu, Tsubasa dan superstar internasional yang sedang naik daun, Maria Cadenzavna Eve, membawakan penampilan luar biasa yang disiarkan ke seluruh dunia. Saat konser akan berakhir, sekelompok Noise tiba-tiba muncul, membuat aula menjadi kacau balau. Di tengah kepanikan, Maria menyatakan perang melawan dunia sebagai penerus Finé-mantan kekasih Chris-dan sekutunya, Kirika Akatsuki dan Shirabe Tsukuyomi, mengungkapkan kekuatan Symphogear mereka sendiri. Setelah memulai pertempuran dengan Tsubasa dan rekan-rekan satu timnya, mereka mundur secara misterius, membuat ketiga teman itu bingung apa maksud mereka sebenarnya.