Di Akademi Hanzo yang terkenal, sekelompok siswa terpilih berlatih secara rahasia untuk menjadi ninja dari klan elit yang dikenal sebagai Master Shinobi. Mengikuti jejak kakeknya, Asuka yang penuh harapan menjalani pelatihan intensif ini bersama dengan kelompok teman-temannya yang khas: Ikaruga, Katsuragi, Yagyuu, dan Hibari. Tanpa henti mempelajari seni ninja rahasia, mereka mengasah kemampuan mereka dengan harapan suatu hari nanti akan menjadi ninja wanita sejati.

Senran Kagura mengikuti para gadis ini saat mereka bertarung dengan gagah berani melawan kejahatan misterius yang meneror Akademi Hanzo. Dengan mengenakan pakaian ketat, mereka harus membuktikan kemampuan mereka dan melindungi akademi dari musuh-musuhnya sebelum terlambat!