Penduduk dari Alam Merah terus menerobos masuk ke Kota Misaki dan mencuri energi kehidupan dari manusia. Untuk melawan ancaman ini, Flame Hazes ditugaskan untuk menyelamatkan manusia agar tidak kehilangan eksistensi mereka. Namun, meskipun tugas Flame Haze adalah melindungi manusia, Shana—si “Pemburu Berambut Api dan Bermata Membara”—sepertinya lebih fokus pada satu manusia tertentu: Yuuji Sakai, seorang remaja laki-laki yang tanpa sengaja terseret ke dalam pertempuran antara makhluk Crimson dan Flame Hazes. Sejak pertemuannya pertama kali dengan Yuuji, Shana mulai melihatnya sebagai lebih dari sekadar teman. Sebenarnya, Yuuji bertanya-tanya apakah Shana pernah mengungkapkan perasaannya padanya sebelumnya, tetapi sulit baginya untuk memastikannya karena kepribadian Shana yang kadang hangat, kadang dingin. Meski begitu, hari-hari mereka berlalu seperti biasa, hingga seorang siswa pindahan baru tiba di sekolah menengah mereka—seseorang yang memiliki kemiripan yang mencolok dengan musuh lama.

Yuuji dan Shana tidak punya waktu untuk berputar-putar dengan perasaan mereka; sementara musuh-musuh mereka dari organisasi Bal Masqué merencanakan serangan berikutnya, keduanya harus tetap waspada saat mereka menyelidiki asal-usul benda magis yang diinginkan di dalam tubuh Yuuji, “Midnight Lost Child.”