Aliansi Sfera Bumi Bersatu adalah organisasi militer yang sangat kuat yang telah menguasai Bumi dan koloni ruang angkasa dengan tangan besi selama beberapa dekade. Ketika koloni-koloni tersebut menyatakan penolakan mereka terhadap hal ini, pemimpin mereka dibunuh. Kini, pada tahun After Colony 195, pemberontak koloni yang penuh dendam meluncurkan “Operasi Meteor,” mengirimkan lima mobile suit yang sangat kuat ke Bumi untuk balas dendam. Terbuat dari bahan hampir tak bisa dihancurkan bernama Gundanium Alloy, “Gundams” ini memulai serangan terhadap Aliansi dan organisasi bawahannya, OZ.

Salah satu Gundam, yang pilotnya mengambil nama pemimpin koloni yang terbunuh, Heero Yuy, terpaksa melakukan pendaratan darurat di laut setelah pertempuran atmosferik melawan pilot andalan OZ, Zechs Marquise. Setelah mendarat di daratan, ia ditemukan oleh Relena Peacecraft, putri seorang politikus yang mencari perdamaian, yang menyaksikan penurunan Heero ke Bumi. Meskipun keduanya belum menyadarinya, pertemuan ini akan memiliki dampak yang mendalam pada kehidupan keduanya, serta kehidupan di Bumi dan koloni ruang angkasa.