Lima belas tahun setelah peristiwa kiamat yang dikenal sebagai Second Impact, dunia dihadapkan pada ancaman baru: makhluk langit raksasa yang disebut Angels menyerang Tokyo-3 satu per satu. Manusia tidak mampu mempertahankan diri dari serangan Angels meskipun telah menggunakan senjata dan taktik militer paling canggih. Satu-satunya harapan untuk keselamatan manusia terletak di tangan NERV, organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa yang disebut “Evangelions” untuk melawan Angels dengan senjata canggih dan perisai pelindung yang dikenal sebagai Absolute Terror Fields.

Bertahun-tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, putra Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji mengalami pertempuran batin yang terus-menerus akibat trauma mendalam yang disebabkan oleh kematian ibunya dan pengabaian emosional yang dialaminya dari ayahnya. Takut untuk membuka diri kepada orang lain, hidup Shinji berubah selamanya setelah bertemu dengan Misato Katsuragi, seorang perwira tinggi NERV berusia 29 tahun yang menunjukkan kepadanya kebaikan ibu yang bebas dan penuh kasih sayang yang belum pernah ia alami sebelumnya.

Serangan Angel yang menghancurkan memaksa Shinji bertindak saat Gendou mengungkapkan motif sebenarnya mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mengendalikan Evangelion Unit-01, robot baru yang sinkronisasi dengan biometriknya. Meskipun mengalami trauma psikologis yang brutal akibat mengendalikan Evangelion, Shinji mempertahankan Tokyo-3 dari ancaman Angel, tanpa menyadari intrik gelap ayahnya.