Amu Hinamori adalah seorang gadis pemalu yang kesulitan membuat teman, sebagian karena rumor yang beredar di sekolah tentang kepribadiannya yang “dingin dan pedas”. Berharap bisa menunjukkan kepada semua orang versi dirinya yang sebenarnya, Amu terbangun dan menemukan tiga telur berwarna-warni dan dihiasi dengan indah di tempat tidurnya. Setiap telur ini, yang disebut “Hearts Eggs,” menyimpan “Guardian Character”—manifestasi dari diri yang sebenarnya dan impian seseorang. Dengan bantuan Ran, Miki, dan Su, Amu kini dapat mengekspresikan siapa dirinya yang sebenarnya. Namun, tidak selalu semuanya berjalan sesuai keinginannya.

Kemunculan tiba-tiba Guardian Characters Amu membuat Seiyo Elementary Guardians, sebuah kelompok serupa dewan siswa di mana setiap anggotanya memiliki Guardian Character sendiri, memperhatikan dirinya. Sebagai seseorang yang memiliki multiple Characters, Amu ditarik menjadi “Joker” para Guardian, bertugas membantu mereka menemukan X Eggs—versi korup dari Hearts Egg seseorang.

Seiring ia terlibat dalam misi Guardian, Amu mulai mengungkap lebih banyak tentang Karakter misterius ini, X Eggs, dan organisasi yang tampaknya berada di pusat segala hal.