Nagisa Aoi memulai kehidupan sekolah barunya sebagai siswa pindahan di St. Miator’s Girls Academy, salah satu dari tiga institusi bergengsi khusus perempuan di puncak Astraea Hill. Pada hari pertamanya, Nagisa tersesat dan bertemu dengan seorang siswa misterius yang keanggunan dan pesonanya begitu memikat, hingga ia berakhir di ruang kesehatan.

Saat Nagisa terbangun, Tamao Suzumi, teman sekamarnya, menyambutnya dengan antusias dan memperkenalkannya pada kehidupan sehari-hari dan struktur sosial di kampus. Yang paling menonjol, Tamao memberitahunya tentang keberadaan seorang perwakilan siswa yang luar biasa di antara ketiga sekolah—Etoile, atau “bintang.” Berharap bertemu orang tersebut, Nagisa mengetahui bahwa kecantikan ethereal yang dia temui sebelumnya, Shizuma Hanazono, adalah Etoile itu sendiri! Tidak hanya itu, Shizuma tampaknya tertarik secara terbuka pada Nagisa! Interaksinya dengan Shizuma secara alami membuatnya menjadi topik hangat di kampus; namun meskipun begitu terpesona, Nagisa tidak bisa menahan diri untuk bertanya-tanya apakah ada yang tidak beres.

Strawberry Panic! mengikuti rutinitas sehari-hari Nagisa, Shizuma, dan teman-temannya di St. Miator’s, St. Spica, dan St. Lulim saat mereka menghadapi tantangan hubungan sambil menghadapi perasaan tersembunyi, penyesalan yang tersisa, dan kemungkinan baru.