Enam bulan telah berlalu sejak kemenangan Pertempuran Britania dan reklamasi Gallia dari penjajah Neuroi. Yoshika Miyafuji, anggota 501 Joint Fighter Wing yang terkenal itu, telah kembali ke rumah di Fuso dan lulus sekolah menengah.

Namun, perjuangannya masih jauh dari selesai. Dia menerima sepucuk surat yang konon dikirim oleh ayahnya yang telah lama meninggal, berisi cetak biru Unit Striker canggih yang telah dia kerjakan sebelum kematiannya. Unit yang dirancang khusus untuk Yoshika ini mungkin mampu memanfaatkan kekuatan magisnya yang luar biasa.

Sementara itu, ancaman baru di Eropa sedang meningkat. Sarang Neuroi dengan ukuran dan kekuatan yang belum pernah terjadi sebelumnya telah muncul di Venezia, memusnahkan pasukan Penyihir lokal dan langsung menelan bagian utara negara tersebut. Lebih buruk lagi, jenis Neuroi humanoid yang baru saja terlihat berusaha melakukan kontak dengan manusia.

Yoshika, yang tidak bisa meninggalkan teman-temannya di garis depan, sekali lagi harus bertualang ke benua yang dilanda perang.