Pada suatu hari di bulan Desember yang dingin, Kyon tiba di sekolah dengan persiapan untuk tamasya bersama teman-temannya sesama anggota Brigade SOS. Namun, yang sangat mengejutkannya, dia menemukan bahwa hampir semuanya telah berubah total: Haruhi Suzumiya dan Itsuki Koizumi tidak dapat ditemukan, Mikuru Asahina tidak mengenalinya sama sekali, Yuki Nagato adalah manusia biasa, dan Ryouko Asakura secara misterius telah kembali. Meskipun dia tidak asing dengan hal-hal gaib, Kyon merasa terganggu dengan kejadian aneh ini dan memutuskan untuk menyelidiki sendiri.

Mendapati dirinya menjadi satu-satunya orang yang mengetahui realitas sebelumnya, Kyon kini dihadapkan pada pilihan yang sulit: akhirnya menjalani kehidupan normal yang selalu diinginkannya, atau menemukan cara untuk memutar kembali jarum jam dan memulihkan dunianya yang kacau namun familiar.