Sepanjang sejarah, sekelompok elit gadis kuil yang dikenal sebagai “Toji” telah menyelamatkan dunia dari “Aratama”, makhluk aneh dan jahat yang bertekad untuk menghancurkan umat manusia. Di zaman modern, para pejuang ini telah ditugaskan ke regu polisi khusus untuk membasmi Aratama. Pemerintah juga telah mendirikan lima sekolah elit di seluruh negeri untuk memberikan gadis-gadis muda keterampilan bertarung dengan pedang yang diperlukan untuk membasmi monster-monster ini dan pada akhirnya bergabung dengan rekan-rekan mereka sesama Toji untuk melindungi dunia.

Seorang siswa dari salah satu dari lima sekolah tersebut, Kanami Etou dipilih untuk mewakili Akademi Minoseki dalam turnamen pertarungan pedang, di mana ia bertemu dengan Hiyori Juujou yang misterius. Meskipun Kanami dan Hiyori naik ke puncak turnamen, pertarungan mereka berubah menjadi tak terduga, membuat dunia Toji menjadi kacau. Kemungkinan Toji menghadapi pengkhianatan dari dalam, keduanya terpaksa melarikan diri dari turnamen, bentrok dengan mantan rekan-rekannya dalam perjalanan.