Makoto Konno sedang berada di tahun terakhir SMA-nya, tetapi ia kesulitan memutuskan apa yang akan dilakukannya di masa depan. Di antara tekanan dari guru-gurunya dan menghabiskan waktu bersama teman-teman terbaiknya, hidup Makoto tiba-tiba berubah ketika ia secara tidak sengaja menemukan bahwa ia mampu melompat melalui waktu secara harfiah.

Toki wo Kakeru Shoujo mengikuti Makoto saat ia bereksperimen dengan kekuatan barunya. Namun, ia segera belajar dengan cara yang sulit bahwa setiap pilihan memiliki konsekuensi, dan waktu jauh lebih rumit daripada yang terlihat.