Setelah pertarungan yang sukses di Tokyo Tower, para gadis Mew Mew menikmati jeda sementara. Setelah Ichigo Momomiya dan Masaya Aoyama menyatakan perasaan mereka satu sama lain, Ichigo sangat senang menghabiskan waktu bersama pacar barunya. Namun, waktu istirahat mereka terganggu, dan mereka harus bertarung melawan Chimera Anima lagi. Ketika segala sesuatunya menjadi kacau dalam pertarungan berikutnya, Ichigo ditempatkan dalam bahaya besar.

Tepat ketika segala sesuatunya terlihat sangat suram, Ksatria Biru yang misterius tiba dan menyelamatkan Ichigo, menyatakan bahwa dia dilahirkan untuk melindunginya, sebelum menghilang begitu saja. Dengan nasib dunia di pundak mereka dan identitas Ksatria Biru yang dipertanyakan, para gadis Mew Mew harus berusaha keras untuk menciptakan keseimbangan antara pertarungan melawan alien dan kehidupan pribadi mereka.