Meskipun Hibiki dan kru berhasil mengalahkan kapal perang raksasa Bumi pada tahap akhir fase pertama, mereka menyadari bahwa lima kapal perang lainnya sedang mengincar Mejeiru dan Tarahk. Kru NIRVANA mengetahui bahwa Tarahk dan Mejeiru, yang merupakan rumah mereka, sedang menghadapi krisis Karitori (panen). Perjalanan ke rumah mereka dipercepat agar mereka dapat memberitahu tentang krisis tersebut. Di perjalanan, informasi terkini tentang Bumi yang dibawa oleh gadis bernama Misty, yang ikut bepergian bersama mereka, ternyata lebih buruk dari yang mereka bayangkan. Hibiki dan kru menyadari bahwa pertempuran sesungguhnya akan terjadi di masa depan. VANDREAD akhirnya diubah menjadi sistem akhir akibat serangan musuh yang semakin brutal. Bisakah mereka menyelamatkan rumah mereka? Dan, apa yang akan terjadi pada hubungan antara Hibiki dan Dita?