Di gurun terpencil di Planet Zi, seorang anak laki-laki bernama Van menemukan fasilitas yang terbengkalai dan rusak parah. Di dalamnya, ia menemukan sebuah kepompong yang tidak tembus pandang yang pecah dengan sendirinya, dan sebuah robot berbentuk dinosaurus yang dikenal sebagai “Organoid” muncul dari cangkangnya. Van menamai makhluk itu Zeke dan mengklaimnya untuk dirinya sendiri, tetapi sekelompok perampok mengejarnya untuk merebut Organoid tersebut. Para perampok dilengkapi dengan “Zoids,” unit mekanis berbentuk binatang yang digunakan untuk pertempuran. Van berhasil menangkis pengejarnya dengan menghidupkan kembali dan menyatu dengan Zoid tua yang disebut “Shield Liger.”

Van kembali ke fasilitas dengan Zeke dan menemukan kepompong baru. Ia sangat gembira karena mungkin telah mendapatkan Organoid lain, tetapi ketika kepompong itu pecah, yang keluar justru seorang gadis. Tanpa mengetahui asal-usulnya, gadis itu hanya ingat namanya adalah Fiona dan dia harus menemukan objek bernama “Zoid Eve.” Bertekad untuk mengungkap misteri di balik keberadaannya, Fiona berpetualang bersama Van dan Zeke untuk mengungkap apa sebenarnya Zoid Eve itu. Trio ini bertemu banyak teman dan musuh dalam petualangan mereka, menghadapi berbagai bahaya, dan mengalami momen-momen ringan saat mereka bepergian.