Penemuan sebuah hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk melakukan teleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menemukan teknologi yang jauh lebih canggih daripada yang ada di planet asal mereka, yang mereka namakan “Aldnoah.” Penemuan ini memicu pendirian Kekaisaran Vers Mars dan deklarasi perang terhadap “Terrans,” mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di Bulan—yang kemudian disebut “Heaven’s Fall”—menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan Bulan, dan memaksa kedua planet untuk menetapkan gencatan senjata yang tidak stabil.

Damai mereka sangat rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa SMA Inaho Kaizuka menyaksikan pembunuhan yang direncanakan terhadap Putri Asseylum Vers Allusia dari Kekaisaran Vers, yang datang ke Bumi dengan harapan memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata hancur, dan Mars kembali mendeklarasikan perang terhadap Terrans. Di hadapan musuh yang tak tertaklukkan ini, Inaho dan teman-temannya kini harus bertarung melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang ini sekali dan untuk selamanya.