Dilemahkan oleh racun dari pertempuran terakhirnya, Baki Hanma mendapati dirinya berada di ambang kematian tanpa ada jalan keluar. Namun, setelah teman Baki, Retsu Kaiou, membawanya ke Cina, dia mengetahui tentang Turnamen Raitai yang sudah berlangsung selama berabad-abad, di mana para pejuang terkuat bertarung untuk dinobatkan sebagai seniman bela diri terkuat di seluruh Cina.

Karena sekarang turnamen ini mengizinkan orang asing untuk masuk, Baki diberitahu bahwa ia harus bertanding di turnamen ini karena turnamen ini dapat menyembuhkan penyakitnya. Sayangnya, ayah Baki, yang dianggap sebagai “Makhluk Terkuat di Bumi,” juga ikut berpartisipasi. Baki Musim Kedua merinci peristiwa-peristiwa turnamen akbar di Tiongkok, serta pertemuan Baki dengan Mohammad Alai Jr. yang eksentrik namun kuat.