Kartu-kartu misterius tiba-tiba jatuh dari langit suatu hari. Mampu memanggil makhluk-makhluk kuat dari dimensi lain, kartu-kartu tersebut menjadi pusat permainan baru yang disebut Bakugan. Permainan ini segera populer di kalangan anak-anak dan remaja, dengan para pemain terbaiknya bersaing dalam peringkat dunia.

Sementara itu, perang untuk menguasai Vestroia, tanah air kartu Bakugan, terus berkecamuk. Diserang oleh Naga Putih Naga dan para pengikutnya, Doom Beings, kerajaan tersebut semakin tidak stabil. Dimensi mulai menyatu, dan banyak pemain Bakugan menyadari bahwa hobi mereka bukan sekadar permainan.

Danma Kuusou, salah satu pemain Bakugan, bertekad menjadi pemimpin peringkat dunia suatu hari nanti. Namun, selama salah satu pertarungannya, ia mengalami visi tentang pertempuran di Vestroia. Pertarungan tiba-tiba berpindah ke Bumi, di mana Danma mendapatkan Bakugan api yang bisa berbicara dan sangat kuat, Pyrus Dragonoid.

Ia segera terseret ke dalam konflik dan bersama tim Bakugan Brawlers-nya, harus menelusuri dimensi dan memulihkan keseimbangan di dunia yang hancur.