Sepanjang sejarah, manusia telah berselisih dengan Beastmen-spesies yang mampu berubah bentuk karena “Faktor Binatang” genetik mereka. Karena konflik ini, para Beastmen terpaksa bersembunyi. Kota Anima menjadi tempat yang aman bagi mereka yang tertindas untuk hidup bebas dari campur tangan manusia.

Selama festival untuk merayakan ulang tahun ke-10 kota ini, Michiru Kagemori, seorang manusia yang tiba-tiba berubah menjadi tanuki, mendapati bahwa Kota Anima sangat jauh dari surga. Setelah menyaksikan ledakan di alun-alun, dia dihadapkan pada Shirou Ogami, serigala yang tampaknya tidak bisa dihancurkan dan pelindung bersumpah semua Beastmen. Saat mereka mengejar penjahat di balik pengeboman tersebut, keduanya menemukan bahwa Michiru sama sekali bukan Beastman biasa, dan berusaha menyelidiki masa lalu yang misterius dan kemampuannya yang luar biasa. Mungkinkah dia menjadi mata rantai yang hilang antara Manusia dan Beastmen?