Gerbang menuju Dunia Digital telah ditutup selama tiga tahun. Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah, dan sekarang dia berada di tahun kedua di sekolah menengah atas, sekarang saatnya baginya untuk tumbuh dewasa. Sementara semua orang tahu apa yang ingin mereka lakukan dengan hidup mereka, Taichi masih belum yakin. Sementara itu, kelompok ini semakin menjauh saat mereka mengikuti jalan masing-masing.

Suatu hari, seekor Digimon insectoid nakal bernama Kuwagamon muncul dan mengacaukan peralatan elektronik di seluruh kota. Taichi dengan ceroboh mengejarnya dan akhirnya terpojok oleh Digimon yang menyerang. Tiba-tiba, Digivice yang masih dibawanya-perangkat digital yang memiliki berbagai fungsi, termasuk membantu pasangan Digimon untuk berevolusi-menyala, dan Agumon pun muncul. Keduanya mampu mengalahkan Kuwagamon, tetapi mengapa Digimon menyeberang ke dunia ini? Apa yang terjadi di Dunia Digital, dan bagaimana tepatnya hal ini melibatkan Meiko Mochizuki, murid pindahan baru di kelas Taichi?