Digimon yang terinfeksi—monster digital yang mulai bertindak tak terkendali dan mengalami peningkatan kekuatan yang aneh—menyerang dunia nyata. Sementara Maki Himekawa dan Daigo Nishijima, agen Badan Administratif Gabungan yang misterius, berusaha mempelajari lebih lanjut tentang kemunculan yang mengganggu ini, sebagian besar Anak Pilihan sibuk mempersiapkan festival musim panas SMA Umum Tsukishima.

Mimi Tachikawa, yang baru saja kembali ke Jepang setelah tinggal di Amerika Serikat selama bertahun-tahun, berjuang untuk beradaptasi di antara teman-teman sekelas dan sesama Anak Pilihan. Sementara itu, dengan menyibukkan diri dengan studinya, Jou Kido sengaja menghindari semua hal yang berkaitan dengan Digimon, menyebabkan rekannya, Gomamon, melarikan diri. Tindakan Mimi dan Jou masing-masing menyebabkan ketegangan di dalam kelompok meskipun ancaman Digimon yang terinfeksi masih menghantui mereka. Akankah keduanya menyelesaikan konflik pribadi mereka tepat waktu untuk membantu teman-teman mereka melawan ancaman terbaru?