Setelah konfrontasinya di Nether dengan adiknya, Shou, tekad Shinra Kusakabe untuk menjadi pahlawan yang menyelamatkan nyawa dari teror api semakin kuat. Menemukan cara untuk mengubah Infernal kembali menjadi manusia, mengungkap misteri Evangelist dan Adolla Burst, serta menyelamatkan ibunya dan Shou-adalah tujuan yang ada di benak Shinra. Namun, dia menyadari bahwa untuk mencapai tujuan-tujuan ini tidak akan mudah, terutama dengan bahaya yang akan segera muncul dari Evangelist.

Rencana sang Evangelist sudah jelas: mengumpulkan delapan pilar – individu-individu yang memiliki Adolla Burst – dan mengorbankan mereka untuk menciptakan kembali Bencana Besar 250 tahun yang lalu. Setelah diwahyukan oleh Pilar Pertama bahwa kelahiran pilar baru semakin dekat, Shinra bertekad untuk melindungi rekan-rekannya sesama pilar dari Penginjil. Dengan demikian, pertempuran sengit antara Pasukan Api Khusus dan Evangelist pun berkobar. Bersama Pasukan Api Khusus, pertarungan Shinra berlanjut saat dia mengungkap kebenaran tentang Bencana Besar dan sifat Semburan Adolla, serta misteri di balik pembakaran manusia.