Di tengah Perang Cawan Suci Kelima, Caster menjalankan rencananya, dimulai dengan penangkapan Servant Shirou, Saber. Dengan penyihir yang semakin kuat, Rin dan Archer memutuskan bahwa Saber adalah ancaman yang harus segera diatasi. Namun, ketika keseimbangan kekuatan dalam perang mulai bergeser, Master dan Servant mendapati diri mereka berpisah.

Sementara itu, meskipun kehilangan Servant-nya dan tertatih-tatih karena cedera, Shirou mengabaikan peringatan Rin untuk meninggalkan pertempuran, memaksa dirinya untuk melawan Caster. Bertekad untuk menunjukkan tekadnya dalam semangat juangnya, potensi Shirou untuk menjadi pelindung rakyat diuji.

Di tengah pertumpahan darah dan kekacauan, motivasi masing-masing Master dan Servant perlahan terungkap saat mereka mengorbankan segalanya untuk bangkit sebagai pemenang dan merebut Cawan Suci.