Mithril, sebuah lembaga militer rahasia yang menggunakan teknologi canggih untuk melawan operasi teroris, menugaskan tim khusus untuk misi sensitif. Di bawah komando perwira senior Melissa Mao, Sersan Sousuke Sagara dan Kurz Weber harus secara rahasia melindungi Kaname Chidori—seorang gadis remaja yang secara tidak sadar menyimpan pengetahuan ilmiah revolusioner dan dianggap sebagai “Whispered”—dari agen intelijen dan organisasi lain yang mengejar kemampuannya.

Sementara Kurz dan Melissa akan membantunya secara jarak jauh, Sousuke mendaftar di sekolah menengah Kaname sebagai salah satu teman sekelasnya untuk memantau dia secara dekat. Namun, latar belakang militernya dan keterampilan sosialnya yang buruk menyebabkan penyesuaian yang sulit dalam kehidupan sipil. Tidak hanya dia menarik perhatian yang tidak perlu, tetapi tindakannya sering membuat Kaname curiga padanya.

Meskipun berusaha sungguh-sungguh untuk menunaikan tugasnya, serangan teroris semakin memperumit tugas Sousuke. Menyadari dalang kejam di balik serangan tersebut, Sousuke mengabaikan perintahnya untuk memastikan keselamatan Kaname.