Bertahun-tahun yang lalu, semua hantu di sebuah sekolah berhantu diusir oleh seorang siswa tertentu. Kini, mereka kembali—dan mereka ingin balas dendam…

Satsuki dan Keiichirou Miyanoshita adalah dua saudara kandung yang sedang pulih dari kehilangan tragis ibu mereka. Setelah pindah ke kampung halaman ibu mereka, mereka mengetahui bahwa sekolah lokal yang mereka pindahkan ke sana adalah bangunan tua—yang konon berhantu. Meskipun awalnya menganggapnya sebagai rumor konyol, keduanya segera menyadari bahwa hantu memang nyata dan mereka sedang memburu mereka! Gakkou no Kaidan adalah kisah seram tentang kehidupan kedua saudara kandung ini dan teman-teman baru mereka saat mereka berusaha bertahan dari hantu-hantu di sekolah—dengan sedikit bantuan dari kucing peliharaan mereka sepanjang jalan.