Amaumi Haruhiko adalah seorang siswa SMA yang bersekolah di Akademi Shimano di sebuah kota bernama Narasakicho. Narasakicho memiliki pelangi misterius yang selalu mengawasi kota tersebut dan terkait dengan pemberian keinginan magis yang disebut “Gift.” Gift adalah hadiah sekali seumur hidup antara dua orang.

Sejak kecil, Haruhiko sangat dekat dengan teman masa kecilnya, Kirino, hingga ia mendapatkan saudara perempuan non-darah baru bernama Riko. Haruhiko mengembangkan hubungan yang kuat dengan Riko hingga mereka terpaksa berpisah karena ayah Haruhiko tidak lagi mampu menafkahi keduanya.

Setelah beberapa waktu berlalu, Riko akhirnya kembali ke kota Narasakicho dan bersama Kirino, mulai bersekolah di Akademi Shimano bersama Haruhiko. Serial ini berpusat pada hubungan di antara para protagonis utama dan secara perlahan mengungkap kisah di balik Gift dan pelangi.