Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir seri sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap atas dugaan terorisme. Sebuah video menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan tersebut, dan ia ditahan oleh Ichigaya.

Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Namun, ia gagal membunuh Heath Oslo, pemimpin organisasi teroris yang memiliki senjata mematikan. Bahkan, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji…

Namun, semua mungkin belum berakhir bagi Yuuji. Para gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji dimanfaatkan untuk keuntungan politik, begitu pula sosok misterius baru yang muncul di hadapan mereka.