Ada makhluk kegelapan dan kejahatan yang mengganggu malam, memakan siapa pun yang sial terjebak dalam cengkeraman mereka. Di sisi lain ada Hellsing, organisasi yang berdedikasi untuk menghancurkan kekuatan supranatural yang mengancam keberadaan manusia. Di puncak organisasinya ada Integra Fairbrook Wingates Hellsing, yang memimpin pasukan militer yang kuat dan menghabiskan hidupnya melawan makhluk tak bernyawa.

Pasukan besar Integra, bagaimanapun, tak sebanding dengan senjata utamanya: vampir Alucard, yang bertindak sebagai pembasmi bagi sesama vampirnya untuk Hellsing. Bersama pelayannya yang baru, Seras Victoria, Alucard harus bertarung tidak hanya melawan monster, tetapi juga semua yang menentang Hellsing, baik yang berkedok kebaikan maupun kejahatan.

Dalam pertempuran untuk kelangsungan hidup umat manusia, Hellsing Ultimate membuktikan bahwa penampilan tidak selalu mencerminkan kenyataan, dan terkadang senjata terkuat dapat datang dalam bentuk mimpi buruk terburuk seseorang.