Rika Furude dan kelompok teman-temannya tinggal di desa pegunungan kecil Hinamizawa; pada bulan Juni 1983, mereka menyambut siswa pindahan Keiichi Maebara ke dalam barisan mereka, menjadikannya satu-satunya anak laki-laki dalam kelompok mereka. Sepulang sekolah, mereka bersenang-senang dengan bermain game dan menghabiskan setiap hari dengan menjalani hidup mereka sepenuhnya. Terlepas dari rutinitas yang tampaknya normal ini, Keiichi mulai memperhatikan perilaku aneh dari teman-temannya, yang tampaknya menyembunyikan rahasia kelam kota darinya.

Di tempat lain, seseorang menyaksikan kejadian-kejadian yang semakin meresahkan ini terjadi dan mengingat kejadian-kejadian yang pernah terjadi, dan kisah-kisah serupa lainnya. Dengan menggunakan pengetahuan tersebut, orang ini memutuskan untuk memperbaiki dunia yang rusak ini. Namun, ketika variabel tertentu berubah, individu tersebut dihadapkan pada kesadaran yang mengerikan: mereka tidak tahu apa yang diharapkan atau bagaimana cara menghentikan tragedi yang akan datang.