Ada rumor bahwa salah satu dari Tujuh Misteri Akademi Kamome, Hanako-kun, telah mendapatkan seorang asisten: siswa kelas satu SMA, Nene Yashiro. Bersama-sama, Hanako dan Yashiro menyelidiki berbagai misteri di sekolah, menjaga keseimbangan antara manusia dan alam gaib. Namun di waktu senggang mereka, keduanya sering kali ditemukan bermain-main, terlibat dalam berbagai kejenakaan yang melibatkan teman sekolah Yashiro dan entitas spektral yang mengintai yang tidak dapat dilihat oleh orang normal.