Ada rumor di Akademi Kamome bahwa di suatu tempat di dalam lingkungan sekolah terdapat sebuah jam yang mengatur waktu di akademi. Jam tersebut diawasi oleh tiga penjaga jam—masing-masing mewakili masa lalu, masa kini, dan masa depan. Meskipun demikian, sebuah kejadian tak terduga menyebabkan kekacauan, dengan para siswa menua dengan cepat dan infrastruktur akademi hancur berantakan.

Nene Yashiro dan Kou Minamoto mencari bantuan dari Hanako-kun, memulai petualangan baru untuk menemukan mereka yang bertanggung jawab atas kekacauan ini. Namun, apa yang mereka temukan lebih dari sekadar identitas pelakunya. Saat kebenaran tersembunyi terungkap dan sumpah baru ditetapkan, para siswa akademi dan penampakannya menemukan diri mereka dalam permainan takdir, di mana makhluk hidup berjuang untuk membebaskan diri dari cengkeramannya.