Yoshimura Sumimura berasal dari garis keturunan “Kekkaishi,” individu yang memiliki kemampuan supranatural dan mampu menghancurkan makhluk jahat bernama Ayakashi yang sesekali memasuki dunia manusia. Ayakashi adalah iblis yang berusaha menghisap kekuatan yang terpancar dari tanah Karasumori, yang kebetulan juga merupakan lokasi sekolah menengah Yoshimura. Kini, Yoshimura harus bertarung untuk melindungi sekolah dan kampung halamannya yang dicintainya. Meskipun, jika terserah padanya, ia lebih memilih membuat kue daripada melawan makhluk-makhluk jelek yang muncul di malam hari.

Untungnya, Yoshimura bukan satu-satunya yang membantu menahan para penjahat. Teman masa kecil dan tetangganya, Tokine Yukimura, bergabung dengannya dalam pertempuran yang mulia ini. Meskipun mereka berasal dari klan rival, kedua orang ini membentuk tim yang luar biasa. Kerja sama tim adalah hal yang vital dalam melawan kejahatan yang semakin mendekat, karena Ayakashi menyerang secara bergelombang, berusaha mengklaim tanah tersebut sebagai milik mereka, dan sebuah organisasi bayangan mengawasi, siap menyerang saat waktu yang tepat…