Katsuhira Agata adalah seorang remaja yang pendiam dan pendiam, yang rasa sakitnya telah lenyap. Temannya, Chidori Takashiro, hanya bisa mengingat dengan samar-samar hari-hari sebelum Katsuhira mengalami perubahan besar ini. Sekarang, sikapnya yang pendiam dan mudah puas diri membuat Katsuhira menjadi target para pengganggu, yang mengeksploitasinya demi mendapatkan uang yang sangat banyak. Namun, tinju mereka hanya mampu membuatnya berkedip, bahkan emosi pun jauh dari genggamannya.

Namun, suatu hari Katsuhira, Chidori, dan empat remaja lainnya diculik dan dipaksa untuk bergabung dengan Sistem Kizuna sebagai “Kiznaivers” resmi. Mereka yang ikut serta terhubung melalui rasa sakit: jika salah satu anggota terluka, yang lain akan merasakan penderitaan yang sama. Orang-orang ini harus menjadi tikus percobaan dan kambing hitam dari sistem yang tidak lengkap yang dirancang untuk perdamaian dunia. Dengan nasib mereka yang benar-benar saling terkait, para Kiznaiver harus mengungkapkan jati diri mereka satu sama lain, atau berisiko gagal lebih dari sekadar Sistem Kizuna.