Di masa depan yang jauh, manusia meninggalkan Bumi yang hancur dan pergi ke luar angkasa. Namun, karena fenomena tak dikenal yang mencegah mereka pergi ke luar angkasa, umat manusia kembali ke Bumi dan mendapati Bumi tidak ramah kecuali Jepang.

Untuk menampung seluruh populasi manusia, dimensi-dimensi saku diciptakan di sekitar Jepang untuk menampung mereka. Untuk menemukan cara kembali ke luar angkasa, manusia mulai memerankan kembali sejarah manusia menurut Kitab Suci Perjanjian. Namun, pada tahun 1413 Era Perjanjian, bangsa-bangsa dimensi saku menyerbu dan menaklukkan Jepang, membagi wilayah tersebut menjadi wilayah kekuasaan feodal dan memaksa penduduk asli Jepang untuk pergi.

Saat itu adalah tahun 1648 Era Perjanjian, para pengungsi Jepang tinggal di kapal kota Musashi, yang terus-menerus berkeliling Jepang sambil diawasi oleh Serikat Perjanjian, otoritas yang menjalankan peragaan ulang sejarah. Namun, rumor kiamat dan perang mulai menyebar ketika Perjanjian Lama berhenti mengungkapkan apa yang terjadi selanjutnya setelah tahun 1648.

Memanfaatkan situasi ini, Toori Aoi, ketua Federasi Tertinggi Akademi Musashi Ariadust dan Ketua OSIS, memimpin teman-teman sekelasnya untuk memanfaatkan kesempatan ini guna merebut kembali tanah air mereka.